Не только могут, но и непременно будут :) Чтобы приложение использовало прокси, оно должно либо прочитать его настройки из системы либо запросить их у админа, показав какие-нибудь окошки.
Некоторые, особо умные не умеют делать ни того ни другого. Их приходится пропускать напрямую, к сожалению.