Штатного метода работающего из коробки в типовых нет.
Есть сторонние обработки - где-то валялись, может найдете.
Есть куча разных методов -
- Делаем копию базы, и удаляем в копии все документы и движения по ненужным организациям.
- Делаем подчиненную базу, в правилах обмена ставим только нужную организацию, после чего из подчиненной базы путем некоторых манипуляций можно сделать обычную.
- Выгружаем данные по организации через стандартную выгрузку-загрузку данных (правила нужны)
Все варианты рабочие, все имеют свои плюсы и минусы, просто выбираете какой из них удобнее в вашем случае.