линуксу будет не очень хорошо содержать хомяка на ntfs - у вас сразу будет каша с атрибутами, даже если это не критично, лично мне режет глаз в mc когда все файлы исполняемые
попробуте все таки поискать решения типа
ext4 for windowsps но если не в моготу - делается достаточно просто - загружаетесь с live, с помщью mc, а лучше rsync (grsync в помощь) делаете точную копию хомяка куда-нибудь (
! но только на линуксовый раздел, что бы сохранить права и атрибуты, это может быть папка /home-backup к примеру), форматируете хомяка в вожделенный ntfs, копируете контент обратно (но копию сохраните, вдруг одумаетесь после проб ;)))
не забудьте проверить fstab, если монтирование по uuid, стоит убедиться что он не изменился