И вообще при помощи чего конкретно сделано здесь
Конкретно здесь многое сделано на three.js (да почти все). Тормоза в основном исходят от этого же инструмента, а точнее от того, что им малость злоупотребляют там, где можно все сделать проще.
как верстальщику со знанием html, css и немного jquery как сделать такое?
Параллакс с картинками, текстами и градиентными фонами для секций; смена надписей и плюсик - анимации svg; видео на фоне; немного css-трансформаций для переходов между страницами SPA; соответственно роутер, практика показывает, что в таких ситуациях имеет смысл написать свой, кастомный; шкала справа - еще css-переходы; на страницах проектов и агенства - большие картинки, еще видео, немного svg-анимаций, много абсолютного позиционирования, немного эффекта scrollfire + css-переходы; где-то между делом - подгрузка ресурсов аяксом. Если все это поделить на отдельные задачи, то такой сайт будет вполне реализуем, главное - не усложнять на ровном месте.