Добрый день.
Есть домен, привязанный к Cloudflare.
Как его добавить на чистый VDS, без панели управления и прочего?
OS не имеет значения.
Заранее спасибо за ответ.
На VDS не нужно ничего настраивать, кроме добавления алиасов для домена в конфиге nginx или Apache.
На стороннем DNS-сервисе (в том числе Cloudflare) указываются A-записи с IP сервера.