На сколько помню, по умолчанию в настройках пула стоит 20-минутный idle time-out, после которого пул гасится (если за это время не было запросов). Если аутентификация неперсистентная, то при перезагрузке пула она слетит.
В processModel для пула приложений прописал idleTime-out = 00:00:00, чтобы вообще не перезапускался. На арендуемом сервере это помогло, на домашнем компе такая вот история.