Привет
1) Обновить дизайн сайта можно без смены движка сайта. Т.е. просто на старый сайт натянуть новую морду - будет красиво. Вообще никак не заэффектит позиции сайта.
2) Можно обновить сайт дизайн и поменять движок, при этом сохранить старую логику URL сайта. Т.е. была у вас статья на адресу site.ru/article1, и на новом движке также все сделать site.ru/article1
3) Если уж совсем надо новую логику задавать, то можно либо на уровне сайта (если есть для этого инструменты), либо на уровке конфигов сервера задать 301 редиректы.
Т.е. была у вас статья site.ru/article1, теперь она по адресу site.ru/home/item1 - пишется правило, которое говорит поисковой системе, что если человек идет по адресу site.ru/article1, он попадает на страницу site.ru/home/item1. Все позиции при этом также сохраняются и все будет нормально.
Если структура сайта позволяет, то можно задать автоматические правила с помощью регулярок. Если все плохо (что чаще), то приходится писать правило под каждую страницу. У нас был проект, где пришлось писать редиректы на 5000+ страниц.
P.s. Ваш вариант с попапом и прочее - это слив всех позиций, так как человек заходит на сайт, получает какой-то левый баннер, человек уходит с сайта, либо переходит на новый сайт. Сайт теряет позиции. Так что делай так, как я вам сказал выше.