Короче я нашел решение. Что я делал до сих пор. В убунту я в группу своего пользователя добавли группу www-data. И выходило, что для папки с сайтом группа была user.
Теперь я решил изменить подход, добавил своего пользователя в группу www-data. Создал новый проект и теперь автокомплит wordpress заработал.
Думаю, что в этом была вся проблема.