Исходя из описанного, нужно расширять стандартный импорт дополнительным функционалом, который при импорте товара в случае если категория(или категории) не созданы, автоматом создавал бы их.
как это сделать? НУ первое поискать где в импорте создается продукт и попробовать подлезть туда или с помощью observer или plugin'ом. В противном случае зареврайтить и расширить класс.