E-commerce - это электронная коммерция.
сфера экономики, которая включает в себя все финансовые и торговые транзакции, осуществляемые при помощи компьютерных сетей, и бизнес-процессы, связанные с проведением таких транзакций
В зависимости от контекста могут быть вариации. Так например, есть одноименная cms.
Если коротко электронная коммерция - это сфера экономики, а интернет-магазин - это инструмент этой самой электронной коммерции.
Но так как большинство людей безграмотные, то Вы можете встретить эти понятия в самой разной трактовке. Так что если у Вашего вопроса есть контекст, надо его озвучить.