IANAL, TINLA.
> Со мной связалась одна компания и хочет интегрировать [мою программу под двухпунктной BSDL] в свой инструмент, но их правила не позволяют использовать открытые лицензии
Странные правила, странные люди.
> Они просят возможность использовать у себя этот пакет под своей собственной лицензией
Но нам вы ее не покажете?
> Возможно ли так сделать вообще с bsd 2-clause лицензией?
А не вполне понял, как именно «так», но какая разница? Если это исключительно ваш труд, исключительные права на который вы не уступали ни явно, ни неявно, вы вправе его распространять на любых условиях.
> На что мне стоит обратить внимание?
На условия договора, который вам предлагают.