Получил сертификаты Let's Encrypt для своего домена с помощью ACME DNS chalange.
certbot -d domain.com --manual --preferred-challenges dns certonly
Оно запросило в записях домена создать TXT с ключем. Нужно ли удалять после этого TXT или нет, чтобы сертификат можно было продлить в будущем?
UPD: Нашел решение вопроса путем автоматизации, вместо ручного обновления каждый месяц.
certbot-external-auth, которое подойдет большинству или
letsencrypt-cloudflare-hook, конкретно под Cloudflare. Второй позволяет автоматизировать процесс с помощью API от Cloudflare.