Всем спасибо!
То, что хранлищ много, это понятно, интересовало именно кто как каким способом синхронизирует свои данные, а конкретно хомяка (если честно, то я раньше думал что у Ubuntu One должна быть какая-нибудь втстсроенная возможность именно для синхронизации и версионирования хома, личных данных и т.д, но вроде нет).
По советам Eddy_Em, fshp сделал так:
закинул все нужные файлы-папки в папку Дропбокса, и сних сделал симлинки в домашнюю папку.
Все круто, но проблемы возникают если нужно снять какой-нибудь файл с версионирования, но при этом оставить его на месте в папке.