Программа пакетного обновления не может понять, что за дистриб, но предполагает, что это Дебиан, потому что нашла dpkg :)
Это я так по тексту сообщения предполагаю - у меня-то Calculate :)
Устанавливать пакеты установщиком и параллельно вручную (особенно игнорируя зависимости) - не очень хорошая практика. Да, система Ваша, и можете делать, чего хотите. Но и последствия Вам разгребать :)
Пакетные дистрибы гарантируют стабильность работы, к сожалению, только при использовании некоторых реп этого дистриба. Тот же CentOS не гарантирует безошибочную работу, если использовать сторонние репы.
Простой