В любом из них, мало того в люлой папке
.htaccess ммогут лежать в любой папке и каждый из них будет частным случаем от предидущего
Так что если вам нужно указать на весь сайт то в корне сайта, если настройки только для одной директории то можно создать этот файл там и задать нужные настройки в нем.
Теперь по настройке https
если вы хотели настроить https - то это не к .htaccess а к vitrualhost и где и какие они у вас зависит от хостинга.
Если же вы хотели сделать редиректы http > https то не вопрос это легко сделать.
Да и эти редиректы до ЧПУ вашего сайта!
Правила нестандартные поскольку вначале делается редирект с основного зеркала, притом сохраняя протокол, а потом только меняется протокол, однако такой вариант может учесть любой требуемый вам вариант редиректа, просто раскоментировав нужный кусок.
Стандартные правила можете лекго найти в интернете.
############################################################################
#### Выбор основного зеркала (с www или без www) ####
############################################################################
# 1. Удалить www
#RewriteCond %{ENV:HTTPS} on
#Если включен https
#RewriteRule .* - [E=SSL:s]
#То создаем переменную ssl с текстом s
#RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.(.*) [NC]
# Проверяем, содержит ли домен www в начале URL.
#RewriteRule ^(.*)$ http%{ENV:SSL}://%1/$1 [R=301,L]
# Перенаправляем удаляем www
# 2. Добавить www
RewriteCond %{ENV:HTTPS} on
#Если включен https
RewriteRule .* - [E=SSL:s]
#То создаем переменную ssl с текстом s
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\.(.*) [NC]
# Если нет www в начале домена
RewriteRule ^(.*)$ http%{ENV:SSL}://www.%{HTTP_HOST}/$1 [R=301,L]
#Подставляем www и https если он включен.
############################################################################
#### Перенаправляем протокол https на http ####
############################################################################
#RewriteCond %{ENV:HTTPS} on
# Проверяем наличие https в URL.
#RewriteRule ^.*$ http://%{SERVER_NAME}%{REQUEST_URI} [R=301,L]
# Перенаправляем протокол на http.
############################################################################
#### Перенаправляем протокол http на https ####
############################################################################
RewriteCond %{ENV:HTTPS} !on
# Проверяем наличие https в URL.
RewriteRule ^.*$ https://%{SERVER_NAME}%{REQUEST_URI} [R=301,L]
# Перенаправляем протокол на http.