Не очень уловил суть проблемы по видео, но из описания понял, что сепараторы возникают, а потом моментально исчезают при дальнейшем показе.
Ваша проблема может заключаться в том, что стиль устанавливается после начальной отрисовки таблицы и заменяется уже потом. Если не очень понятно откуда у этого растут ноги, то попробуйте установить стиль для таблицы через UIAppearance, он применится сразу ко всему классу и вас не будет волновать время инициализации конкретной таблицы.