Там много вариантов. Один из: в настройках RDP соединения есть вкладка "Программы". В ней можно указать какую программу и по какому пути на том сервере нужно запускать.
Вариант2 сложнее. Ручками править файл .rdp до примерно такого состояния:
redirectclipboard:i:1
redirectprinters:i:1
redirectcomports:i:1
redirectsmartcards:i:1
devicestoredirect:s:*
drivestoredirect:s:*
redirectdrives:i:1
session bpp:i:32
prompt for credentials on client:i:1
span monitors:i:1
use multimon:i:1
remoteapplicationmode:i:1
server port:i:3389
allow font smoothing:i:1
promptcredentialonce:i:1
videoplaybackmode:i:1
audiocapturemode:i:0
gatewayusagemethod:i:1
gatewayprofileusagemethod:i:1
gatewaycredentialssource:i:0
full address:s:myserver.my.domain
alternate shell:s:||Amstart
remoteapplicationprogram:s:||Amstart
gatewayhostname:s:
remoteapplicationname:s:my-program-name
remoteapplicationcmdline:s:
workspace id:s:myserver.my.domain
use redirection server name:i:1
loadbalanceinfo:s:tsv://MS Terminal Services Plugin.1.srv
alternate full address:s:myserver.my.domain
signscope:s:Full Address,Alternate Full Address,Use Redirection Server Name,Server Port,GatewayHostname,GatewayUsageMethod,GatewayProfileUsageMethod,GatewayCredentialsSource,PromptCredentialOnce,Alternate Shell,RemoteApplicationProgram,RemoteApplicationMode,RemoteApplicationName,RemoteApplicationCmdLine,RedirectDrives,RedirectPrinters,RedirectCOMPorts,RedirectSmartCards,RedirectClipboard,DevicesToRedirect,DrivesToRedirect,LoadBalanceInfo
signature:s:bla-bla-bla-signature
