Unity ничего не выбирает, редактор про гит ничего не знает. После автоматического мерджа в гите у вас просто разламываются файлы, а юнити с этим живёт как может. Такие проблемы решаются либо грамотной организацией работы с общими файлами, либо с помощью
stash и ручного разрешения конфликтов. Почитайте про гит
здесь и
здесь.