Админ-бар добавляется с position fixed, и переключается в position absolute при ширине менее 600px, z-index при этом равен 99999. Конфликт с вашим абсолютно спозиционированным меню неизбежен. Решение есть - WordPress в случае отображения админбара дописывает в body произвольный класс. Таргетируйте меню через этот класс и дописывайте разницу для значения top. Вот вам подробный материал на эту тему.
