Юлия, если поле ЧПУ в базе проиндексировано - то поиск по нему будет проходить достаточно быстро.
Если речь идет о маленьких сайтах-визитках - то тут не принципиально в чем делать хранение данных, в файлах или БД. Если делать большие сайты (блоги, регистрация, комментарии, каталог товаров) - то уже на этапе проектировки БД - этот вопрос сам собой отпадает. Почитай про реляционные БД. На файлах это организовать невозможно, так как между полями БД существуют отношения, а между файлами их сделать нельзя. К файлам нельзя применить сложные SQL запросы.
Ко всему прочему - современные БД - это мощное программное обеспечение ориентировано на надежность и скорость.
Рекомендую к просмотру серию видео с HightLoad++. Много докладов о сервисах выдерживающих высокие нагрузки