Вроде на офицальной странице расписанно как добавить даже примеры какие то есть.
https://github.com/libopencm3/libopencm3
В иде добавляется как и другие библиотеки - в папку где все библиотеки(где их компилятор желает увидеть), либо прописав путь.
Только вот проект изначально должен делаться на данной библиотеке - так как она призвана сделать универсальным набор функций ввода-вывода для разных микроконтроллеров.