Без всяких OR
Просто доблавляйте вот так вокруг стринга
(^|&)тут сам гет($|&)
И не забывайте экранировать \=
А исключить файл можно достаточно просто, когда одно из условий не сработает.
В текущем случае это не файл (имя файла)
RewriteCond %{QUERY_STRING} (^|&) (\<|%3C).*script.*(\>|%3E)($|&)
RewriteCond %{QUERY_STRING} (^|&)GLOBALS(\=|\[|\%[0-9A-Z]{0,2})($|&)
RewriteCond %{QUERY_STRING} (^|&)_REQUEST(\=|\[|\%[0-9A-Z]{0,2})($|&)
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/api.php
RewriteRule ^(.*)$ index.php [F,L]