В данном случае, антивирус у вас лечит последствия -- бинарник с рабочей нагрузкой. А дроппер либо висит в памяти и не оставляет следов, либо проламывается сквозь непропатченную дыру в системе с какой-либо другой машины в сети (или в интернете). Выводите сервак в оффлайн, грузитесь с какого-нибудь liveCD и проверяйте диски, желательно несколькими инструментами -- AVZ, DrWeb CureIT, ещё что-нибудь.
Затем надо запустить сервер в изолированном сегменте и проставить все обновления, причёмкрайне желательно выпускать в интернет не напрямую, а через прокси, с логированием всех запросов с сервера. После этого наблюдать.