В любом случае, все определяется требованиями к СУБД - начните с этого
Еще
вот прочтите
Чаще всего, работая с .net, берут SQL Server
Если приложение будет не большим (не большой объем данных, нет требований по скорости ответа на запрос), смотрите в сторону СУБД, которую легко поднять и по которой найдете больше всего инфы
MySQL, например