Какая целевая платформа? Абстрактно в вакууме один квад это, конечно, меньше чем сотня треугольников, но квад будет рисоваться с прозрачностью, и, может быть, у вас специфика такая, что вам овердроу от прозрачности страшнее чем дополнительные треугольники. А вообще говоря, на такие вопросы ответить только профайлер, сделайте тестовую сцену и посмотрите, гадать в таких вещах вредно. В контексте мобильников три тыщи полигонов это достаточно мало, при грамотном батчинге и не сильно жирных шейдерах оно быстро отрисуется. Может быть по результатам теста окажется, что вам и не нужно со спрайтами извращаться.
