Bower помер. Используйте npm или yarn. Также крайне рекомендую освоить webpack. Он как раз и позволяет указать только единственный файл - точку входа, все остальное он подтянет автоматически и создаст два минифицированных файла - в одном скрипты, в другом стили. Само собой, можно настроить так, чтобы сторонние либы выносились в отдельный файл, а собственный код - в другой файл. Например, при использовании webpack, можно подключить jquery так:
import $ from 'jquery'
Можно сделать еще круче, чтобы не импортить jquery в каждом файле, можно заюзать вебпаковский плагин ProvidePlugin:
new webpack.ProvidePlugin({
$: 'jquery',
})
После чего jquery будет доступен в любом js-файле.