Примерно такое может происходить, когда винда по каким-либо причинам не может создать профиль пользователя. В этом случае она создает временный профиль в каталоге %SYSTEMROOT% и при каждой загрузке создается новый временный профиль, соответственно все что было изменено в предыдущем временном профиле не сохраняется.
Посмотреть где у вас находится профиль можно командой:
set USERPROFILE
Если она вернет путь, указывающий в "c:\Documents and settings", то, скорее всего, не в этом дело. Если путь будет в c:\Windows - оно самое.