Я бы не разбираясь во внутреннем мире хрома сделал бы так:
1) Выключить автозапуск хрома при старте системы.
2) Открыть хром с парой вкладок.
3) Не выключая хром, жестко выключить комп (выдернуть питание из розетки). Альтернативный вариант - прибейте процессы Хрома в диспетчере задач, но может не засчитать за жесткое выключение.
4) Заново загрузиться, поменять файлы хрома.
5) Запустить хром. Если предложит восстановить +100500 вкладок, то трюк удался.
PS: На будущее - пользоваться меню "Избранное". Сейчас есть миллион вариантов сохранить ссылки на важные страницы и иметь к ним быстрый доступ.