Я считаю вероятными 3 варианта:
1) Брак самой платы, из-за чего она не может записать конфигурацию в ПЗУ, и загрузить ее при включении. - маловероятно, но возможно.
2) В разделе winbox System -> RouterBoard -> Settings неверно выбран порядок загрузки. Следует выбрать Nand-only или Nand-if-fail-then-ethernet. Так же следует проверить задержку перед инициализацией InitDelay. По умолчанию она стоит - 0.
3) Возможно вы проводите настройку роутера в режиме SafeMode. В таком случае конфигурация откатывается обратно.
например.
Так же могу порекомендовать попробовать обновить версии пакетов и firmware, если проблема связана с конкретной версией прошивки - то она исчезнет.