Привет.
Сделать свой плагин и вставить счетчик туда. Чтобы не активировать плагин из админ-панели, можно создать папку /wp-content/mu-plugins/ и положить файлик с плагином туда. Он загрузится автоматически.
add_action('wp_head', 'my_counter', 99);
function my_counter() {
?>
код счетчика
<?php
}