domain.ru
в ней папка web
git init
git remote add ....git
git clone https://...../name.git web
git --git-dir=../repo --work-tree=. add foo
git
указывать дополнительные параметры, но вы, конечно же можете сделать себе alias:alias git="git --git-dir=../repo --work-tree=."
alias webgit="git --git-dir=../repo --work-tree=."