domain.ru
в ней папка web
git init
git remote add ....git
git clone https://...../name.git web
git --git-dir=../repo --work-tree=. add foo
git
указывать дополнительные параметры, но вы, конечно же можете сделать себе alias:alias git="git --git-dir=../repo --work-tree=."
alias webgit="git --git-dir=../repo --work-tree=."
git --git-dir=. --work-tree=. add web
--work-tree
достаточно указать только в первой команде. git config remote.origin.url https:.../repo.git
git --git-dir=../git config remote.origin.url https:.../repo.git