Ну, раз вы упомянули Google Analytics, то и сделайте как у них. А у них сделано так: юзеры подключают мааааленький скриптик (загрузчик), код которого вряд ли когда-либо поменяется и единственная работа которого - загрузить основной скрипт. Допустим, ваши партнеры в данный момент подключают ваш скрипт с такого урла
blabla/script.js. Вам нужно код из script.js вынести в другой файл (например, main.js), а в script.js написать загрузчик, который будет подгружать этот main.js. В таком случае для ваших партнеров все пройдет прозрачно и им не придется ничего у себя менять.