Насколько мне известно, в одной папке можно хранить ограниченное количество файлов, иначе могут быть проблемы (вплоть до полной потери данных).
У каждой файловой системы есть ограничения.
Например максимальный объем файла, или длина пути к файлу. Если вы их не превышаете - все нормально.
Если вы сгрузите все файлы в одну папку - ну вероятно вам будет просто неудобно с ними работать и их сортировать. Возможно некоторые файловые системы будут работать медленнее при большом количестве файлов в папке. Я с таким не сталкивался.
Сколько миллионов файлов у вас будет в одной папке?
На данный момент я не придумал ничего лучше, как генерировать при загрузке файла GUID и, например, для 6F9619FF-8B86-D011-B42D-00CF4FC964FF хранить фото в папке 6F/6F96/6F9619FF-8B86-D011-B42D-00CF4FC964FF.jpg
Правильно и грамотно придумали. Собственно так и делают - файл хэшируют, хэш используется как имя файла, по первым символам хэша идет разбивка на папки, если таковая нужна. Хотя это не единственный вариант, в зависимости от ситуации может быть более удобна другая разбивка.