Функция CreateProcess, параметр STARTUP_INFO, в нём флаг STARTF_USESHOWWINDOW и установить wShowWindow в SW_HIDE.
вот скомпилировал прогу, которая только это и делает (первым параметром подать путь к .exe что надо запустить без GUI, или тупо перетащить .exe на иконку)
rgho.st/7WHLZQffV