Смотря как поддерживаете.
Если просто админите: следите чтоб не падал, настраиваете что-нибудь по мелочи, бэкапы делаете - это абонентская плата или оплата за часы. К договору обязательно приложить перечень работ, входящих в абон.обслуживание.
Так вы регулярно будете при деньгах, а заказчик (по идее) не боится, что вы намеренно затянете работу, ибо затягивать тут нечего.
Если вы апгрейдите или изменяете сайт (собираете и подключаете им новые модули, меняете функционал сайта, переделываете элементы дизайна и т.п.), то это уже мини-проекты и оплачивать их нужно за результат.
Главное, оговорить результат с заказчиком и зафиксировать договоренность. Ну а дальше - спецификация, смета, план-график...Все как в проектах, в общем.