Поисковым системам до фени, что стоит на бэкенде у сайта, главное - коды ответа сервера, содержимое страницы (уникальность текста, микроразметка и т.д.) и ссылочная масса.
Если в дальнейших планах у вас предполагается передача поддержки проекта специалистам - выбирайте наиболее популярный: специалистов под него больше, стоимость часа работы ниже.
Можно добавить, что чем раньше начнете тем лучше. Индивидуальная разработка интернет-магазина займет 3-6 месяцев, а то и побольше. На готовом решении можно запустится за неделю.
Делать сайт надо так чтобы легче было работать, расти и расширяться - гугл это конечно хорошо, но ставить его во главе всего? Он алгоритм завтра меняет, вы движок будете менять? Я бы ставил во главу мобильное приложение, и сайт бы делал, чтоб в будушем было дешевле, легче и быстрее его развернуть.
