1) Trello и / или Meistertask (второе уже редко использую). Вообще это
musthave для самоорганизации и планирования.
2)
Может вы как то умело храните папки, синхронизируете их с облаками и тд.
У меня на домашнем сервере поднят
Syncthing. Также он поднят на рабочем компе, планшете, телефоне и даже боевых серверах. Вообще с серверами не совсем по феншую, но иногда это реально удобно (например когда я переключаю ветку GIT'a и нужно синхронизировать файлы).
3) Не пользуюсь Evernote, ибо
Google Keep. А т.к. и так все в гугле (телефоны, планшеты, почта, календарь ...), то не вижу смысла плодить всякое.
4)
C9.IO - не рекламы ради. Иногда пользуюсь вместо редактора, если что-то хочу покодить на компе без ничего (на бабушкином например, у неё только фотошоп есть :) ...
5) Gist ... Ну ХЗ, ни разу не было желания ...
6) Вместо Github -> Gogs (+Wiki там же). Кстати для GIT'a пользую SourceTree, очень удобно.
7) PHP-HTML-CSS-JS -> кодинг в Atom. Вроде как сублайм, но Атом.