Системный инженер, имхо, ближе к железу. Я учился на системного программиста, у нас было ну очень много математики, и вообще не было железа. У инженеров сопромат и радиотехника, у программистов математика и кодинг. Могу ошибаться. Лучше б пошел на инженера.
В том что инженер системы конструирует, а программист программирует. Но если вы не знаете точно место вашей будущей работы то для вас учебная специальность значения не имеет