Вариант схожий с предыдущим, но не он же — использовать что-то вроде наследования или каскадности: есть database_config.common.php, где описаны типовые настройки и который версионицируется (появилась новая фича в проекте, дефолтные настройки туда коммитятся и расползаются по всем разработчикам) и игнорируемый VCS database_config.instance.php в котором переопределяются только необходимые настройки. Грубо говоря, в первым записаны host, port, user, password, database, prefix, а во втором переопределяются только user, password и database или только host.