Во время установки открываете программно миранду, приводите окно ввода пароля в нужное состояние (чистите от ненужных контролов и переименовываете). Пользователь вводит пароль, миранда сохраняет его в конфиг. Затем вы убиваете миранду.
Можно запускать уже установленный экземпляр, можно создать в темпе папку и положить в неё версию миранды без рюшечек, а затем скопировать конфиг куда нужно. Этот вариант хорош тем, что если потом понадобится пересобрать установщик под новую версию, у вас не будет мороки.
Не забудьте застраховаться: при установке показать галочку «не вводить пароль прямо сейчас». Если по каким-то причинам не сработает, пользователь сможет установить миранду без введенных логина-пароля.
Да, да, да, я знаю, какой это отвратительный костыль :) Пользуйтесь им только тогда, когда вариантов не останется вообще.