И заразиться вирусом можно только авто скачиванием файла с сайта?
Можно заразиться и от ненадёжных женщин ;)
Или ты про заражение своего компьютера на винде? А причем тогда тег "Веб-разработка", да единственный?
Но если поставить в браузере о запросе скачки файла для выбора папки, это избавит от возможности словить вирус?
На 100%, нет, но это хорошая мера безопасности.