Можно попробовать маркировать пакеты по критерию owner и применять для них разные таблицы маршрутизации
Сам пробовал очень давно, вроде работало. Немного есть по ссылке
tiebing.blogspot.ru/2015/12/linux-routing-based-on... ну и в поиске по iptables mark и ip route mark
Проблема в определении правильного owner, в некоторых случаях можно по uid сделать, в некоторых случаях нужно писать скрипт, добавляющий и убирающий pid в цепочки