Без разницы, на какой диск. GRUB найдёт все поддерживаемые операционные системы и предоставит выбор при старте. Но логичней ставить его на диск с Linux'ом, главное не забудь выставить правильный диск для загрузки в BIOS.
Но, один нюанс в случае, если используется
GPT разметка диска. В этом случае нужно использовать уже созданный виндой специальный раздел (
ESP) как /boot и установить GRUB туда.