16Г ОЗУ - это по вашему упор на оперативную память? Да сейчас у детей для танков памяти в компах больше.
Возьмите памяти столько, чтоб база полностью в кэш влезла, пока она у вас еще не слишком разрослась - 64 Гб хотя бы.
120Г HDD для базы мало. Если у вас данных только 50 Г, а еще есть журнал, который может расти гораздо быстрее и занимать места гораздо больше (если не предпринимать никаких действий). Да еще и система на этом же винте откусит 30-40 Гб. В любом случае через 1-2 года ваши 120Г кончатся и нужно будет апгрейдится. Собирайте конфиг, чтоб лет 5 хотя бы железо не трогать.
Проц лучше i7 - у него кэш больше.
Можно не брать SSD, если бюджет ограниченный, т.к. SSD большой емкости стоят пока не вменяемых денег. Возьмите рейд контроллер и 4-6 HDD в RAID10. Денег уйдет, возможно, больше, но зато с дисковым пространство проблем какое-то время не будет.
И, кстати, в вашем случае систему держать на SSD смысла нет никакого (если вы не планируете этот сервер еще как-то использовать).
При наличии нормального количества ОЗУ и такой конфигурации HDD производительность будет вполне не плохая и места хватит и на систему и на базу.
Для бэкапов можно взять диски по проще и не загонять их в raid10.
Собираете сервер, а железо не серверное?