Проблема вот в чём:
git status
# deleted: ëÏÐÉÑ.txt
Сам файл физически уже давно удалён, после этого была куча коммитов. Пробовал вот так, но не прокатило:
$ git rm $(git ls-files --deleted)
fatal: pathspec 'ëÏÐÉÑ.txt' did not match any files
Что можно сделать в таком случае?