Пока ты, мой маленький друг, растекался мыслью по древу, и пытался вербально задобрить здешних обитателей, ты забыл самое главное - четкую формулировку вопроса. Ведь мы на ресурсе вопросов и ответов. Так вот, мой тебе совет на будущее - не нужно тут разводить сопли о том, что ты весь такой из себя новичок. Этот ресурс по большей части и создан для таких как ты - новичков. Поэтому сразу четко формулируй вопрос, формируй требования и выкладывай. На четкий вопрос, как правило, находится не менее четкий ответ.
Если по существу, то тебе надо сначала почитать, как передать файл с клиента на сервер. Чтоб что-то сохранить на сервере в какой-то папке, у тебя должны быть права доступа к этой папке. Если ты используешь Tomcat, то он по-умолчанию имеет доступ к папкам, находящимся в каталоге, указанном в переменной окружения $CATALINA_HOME.
Там можно все настраивать как надо, но у меня другое предложение:
Я бы на твоем месте хранил тело файла прям в БД, в отдельной таблице, тогда заморачиваться с правами не нужно, ты сразу можешь слиноковать запись о пользователе с записью о файле. Если связь один к одному или один ко многим, то можно прям в юзера положить внешний ключ на таблицу с файлами. Если связь многие ко многим, то лучше сделать отдельную линковочную таблицу. Ну что-то я увлекся то же...
Удачи тебе, юный падаван! Да прибудет с тобой сила!