Если писать свой скрипт, то проще писать его на bash и запускать каждый день через cron. А в скрипте можно использовать git, который может вести историю изменений файлов и команда "git status" выдаст какие файлы изменились.
Но это конечно, если сайт лежит на подконтрольном сервере, а не на shared хостинге, иначе PHP скрипт придется писать, в Битрикс был такой "антивирус" возможно готовые есть.