Проблему вызвала обновление MariaDB, с конфигом с котором база работал уже 2 года, после обновления стали творится такие чудеса. Решил полной переустановкой MariaDB и использованием дефолтного конфига.
Включил опцию innodb_strict_mode и отключил innodb_use_fallocate с innodb_use_trim - заработало. Последние две опции мне не нужны были в общем-то, добавил при включении innodb_file_format=barracuda зачем-то... На fallocate сервер MariaDB ругался в логах.
innodb_strict_mode - дока настоятельно рекомендует включать при работе с новыми форматами файлов.
