Я прибил у себя ботов(в разы снизил нагрузку) так: в .htaccess
#kill bots
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} AhrefsBot
RewriteRule (.*) - [F,L]
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} MJ12bot
RewriteRule (.*) - [F,L]
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} Detectify
RewriteRule (.*) - [F,L]
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} dotbot
RewriteRule (.*) - [F,L]
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} Riddler
RewriteRule (.*) - [F,L]
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} SemrushBot
RewriteRule (.*) - [F,L]
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} LinkpadBot
RewriteRule (.*) - [F,L]
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} BLEXBot
RewriteRule (.*) - [F,L]
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} FlipboardProxy
RewriteRule (.*) - [F,L]
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} aiHitBot
RewriteRule (.*) - [F,L]
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} trovitBot
RewriteRule (.*) - [F,L]
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} python-requests
RewriteRule (.*) - [F,L]
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} ltx71
RewriteRule (.*) - [F,L]
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} MegaIndex.ru
RewriteRule (.*) - [F,L]
Если вас заваливают яндекс и гугл, то однозначно по рецепту VVB копать с профайлером. Если переедете на VPS, то через команду top будет понятно у вас перегруз по запросам к БД или слишком много одновременных заходов.